Gradius星的马克贝因主席所搭乘的太空船被不名的宇宙气团吸入后，便失去了连络与行踪。Gradius军派遣丹恩、史蒂芬妮（麦克贝因主席的女儿）、艾迪三名驾驶前去失踪地点调查。虽然没有发现失踪的太空船，但却发现了一个逃生艇上的搭乘员帕欧拉。
帕欧拉表示，她原本所居住的星球被一个不明生命体“Bacterion”所毁灭，而她是该星球上的唯一生还者。她希望可以及时警告Gradius星球上的人们关于Bacterion的威胁。但是除了同样是过去逃难至Gradius的艾迪之外，几乎没有人相信她所说的话。
过不了多久，Bacterion果然开始向Gradius星接近了。Gradius星高层派遣丹恩、史蒂芬妮、艾迪三人前去侦查Bacterion军团。在侦查的时候史蒂芬妮觉得自己似乎听到了有人在呼唤她。而艾迪觉得事有蹊跷，因此便独自驾驶战机前去深入调查并攻击敌机，结果发现Bacterion军的战机似乎由某种核心控制着全军的行动。但是艾迪却也因此而构成了违反命令，而遭降级。
过了一阵子之后，Bacterion军团开始进攻Gradius星。在战斗的时候，史蒂芬妮再次听见了父亲在呼唤她，因此随着声音的引导而来到了敌军母舰之内。丹恩也跟在史蒂芬妮的后方，一起来到了舰内。结果两人发现，马克贝因主席已经被改造成了Bacterion军团的中枢控制机关“电子脑”（CyberBrain）。马克贝因要求女儿将他破坏，如此才能阻止Bacterion军团的进攻，但是史蒂芬妮迟迟无法下手。
同时在Gradius星上，帕欧拉告诉被降级的艾迪，Bacterion军团中枢控制机关的所在位置就在Gradius上。因此艾迪驾驶战机，带着帕欧拉前去寻找Bacterion军团中枢控制机关所在的确切位置。
接着两人来到了一片沙漠，看到了沙漠中矗立著Gradius星的一个古代遗迹“摩艾石像”。帕欧拉告诉艾迪，那个摩艾石像便是Bacterion军团的中枢控制机关。但是艾迪有点怀疑，觉得那只是普通的遗迹。帕欧拉走向了摩艾石像，结果石像开始活动，并攻击了帕欧拉。因此艾迪便驾驶著战机破坏了摩艾石像。结果帕欧拉便开始笑。原来那个摩艾石像是过去Gradius星球上的居民为了阻止Bacterion军团的侵袭而所设立的机关，而帕欧拉则是Bacterion军团的尖兵，利用了艾迪身为星际难民的同情心来破坏摩艾石像。接着帕欧拉现出了神龙的原貌，离开了Gradius星。
由于用以抑制Bacterion军团侵略的摩艾石像遭到破坏的关系，因此马克贝因无法再维持自己的意志，而完全成为了Bacterion军团的电子脑，并开始攻击史蒂芬妮与丹恩。最后史蒂芬妮与丹恩被迫破驾驶著战机，破坏电子脑。在电子脑被破坏之后，由于失去了控制中枢，因此Bacterion军团瞬间失去了战斗力而崩解，让Gradius军获得了最后的胜利。
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来源：维基百科

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