西历2200年，由于气候的恶劣和人口的暴涨，造成了食物短缺和犯罪率的急剧增长，人类为了改善这种状况，而转向在月球和火星开发新天地以求生存。
真野锭是一个很有正义感的男孩，他从小便和父亲一起从地球来到火星生活。在锭即将迎来他的16岁生日的前一天，他和他的朋友们目击了一场从未见过的外星人之间的战斗，一边是从Rudorio星球逃出来的罗米娜公主和她乘坐的飞船艾尔夏克，一边是来自Zaboom星球、一直在追击罗米娜公主的皇帝阿列克斯与司令官古拉萨（让我想起了小时候看的《恐龙特急克塞号》.....^^）。
在混乱中，锭从被炸开的缺口进入了飞船艾尔夏克，在飞船里他发现了黑狮子、凤雷鹰、爆龙三部机器人。锭乘上了黑狮子，由于操作不熟而与Zaboom星的部队陷入了苦战。就在危急时刻，一部神秘的忍者形机器人飞影突然出现，并与黑狮子合体成可变形为狮子型的“兽魔”，以强大的力量击退了Zaboom星球的追击部队。
因为语言不通而不能与罗米娜公主的队伍进行交流的锭等人，向公主那一边打着手势，表示了对她们立场的理解。之后锭以去地球为条件与罗米娜公主一行一起行动。
火星开拓长官哈扎德.帕夏，性格阴险残忍，为了达成他支配地球的野心，妄想借助Rudorio星球的高科技与锭等人的力量，并将之占为已有。锭看穿了哈扎德的阴谋，拒绝将黑狮子等机体交给他。恼羞成怒的哈扎德，竟然与Rudorio星球的侵略军古拉萨一伙联合，向锭等人发动了攻击，并将罗米娜公主捉住。
通过翻译机与公主一行人进行交流的锭，判断出公主是一个善良的人，决定将公主从哈扎德手中救出来。但是锭的父亲却对此表示了强烈的反对。最终锭排除了一切阻力，驾驶黑狮子展开营救行动，在陷入苦战之时，谜之战士飞影再次出现，锭凭借飞影的力量救助成功，但还是不能完全驾御飞影的强大力量。
原本是飞船艾尔夏克司令的伊尔伯拉，却因为失去了公主的信任而愤然出走，到后来竟投靠了古拉萨一伙成为了罗米娜公主的敌人。局势对锭等人越来越不利。已经不能回到居住区的锭与罗米娜公主一行一起逃往火星极冠，在这里他们遇到了以前曾被地球的入植一号组织驱逐而在极冠居住的火星人。火星人认为锭等人要入侵他们的领地，双方发生了冲突。此时Zaboom星球的追击队出现，与火星人展开战斗。锭等人驾驶黑狮子等帮助火星人赶走了追击队。至此火星人终于明白了谁是敌人谁是朋友，并帮助锭修理好了被破坏的飞船艾尔夏克。而罗米娜公主也终于向锭说出了自己的真实目的，她们是为了寻找可以驾驶黑狮子等三个机器人的忍者而来到太阳系的，可是罗米娜公主却被告知在地球上忍者也只是个传说，而且艾尔夏克上也没有了足够返回的燃料。
完成了艾尔夏克的修理工作的锭等人，向火星的一号卫星福博斯进发，在这里他们受到了古拉萨与哈扎德联合军的猛烈攻击。锭和蕾妮为了将现状通知给地球而驾驶小型飞船离开，在途中他们收到了发自艾尔夏克的求救信号，可是一心想返回地球的真野锭，竟想就此逃脱......
为什么？为什么那个谜一样的机器人飞影还没有出现......
《忍者战士飞影》是一部于1985年10月开始放映的机器人动画片，一共43话，于1986年7月放映结束。总监督是案纳正美，角色设定为加藤茂和平野俊弘，机械设定是大家并不是很熟悉的森木靖泰与大畑晃一，作画监督中有大家比较熟悉的、《吸血姬美夕》的作者垣野内成美。由于并不能算是很老的动画，所以片中无论人物还是机体都还是比较符合近代机器人的审美观点的，片中三部机体与飞影的变形与合体，在当时的机器人动画中已经是相当普遍的现象了，而飞影作为一部无人驾驶的机器人，经常在片中神秘地出现来帮助主角，这一设定在日本的机器人动画中也是比较少见的。
参与此作的声优，有我们比较熟悉的井上和彦、菊池正美、岛本须美、堀内贤雄、日高法子。其中岛本须美曾演绎过动画《相聚一刻》中的女主角音无响子，是当时的王牌女声优，日高法子大家应该非常熟悉了，《乱马》中的天道茜^^。崛内贤雄也是经常出现在机战中的声优，出演过机战F与ALPHA中的主角伊鲁姆。

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