第1次冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。原本被选中的孩子们都升入中学（阿武和小光没有），他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码兽伙伴。某日，一个自称数码皇帝的凶暴少年一乘寺贤突然出现攻击数码兽，还利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码兽们。在他的处处威迫之下，数码兽迫于无奈展开战斗。
新一代被选中的小孩们共3个，另外还有阿武和小光继续参战。他们每个人都获得一台新的暴龙机“D-3”，他们以此通过电脑进入数码世界，另外一个用处是“装甲进化”，只要使用数码装甲蛋就可以让他们的数码兽即使在黑暗力量的控制下，也可以完成装甲进化。最后，大家成功阻止邪恶的数码皇帝完成阴谋，可是他的最重要的数码兽－虫虫兽因为小贤的错而死去。
小贤对他之前错误的行为感到后悔，并且决定加入被选中的小孩们，并且与新出现的敌人亚基利兽(Archnemon)和她的伙伴木乃伊兽(Mummymon)战斗。亚基利兽有独特的力量可以把黑暗塔的控制力变强。为了与这个新的威胁战斗，孩子们得知了DNADigivolution，使他们的数码兽合并以获得更多力量。最后，当战斗被带入现实世界，真正的策划者——及川悠纪夫，为人所知。他从小贤那里得到了黑暗种子，并把它植入了希望和小贤一样的孩子们的身体里。那些种子利用小孩们心中黑暗的力量成长成为花。最终，被选招的孩子们面对及川，知道了他是个极端不合群的人，他唯一的朋友是伊织的父亲——火田浩树。浩树和及川年轻的时候经常在一起玩电子游戏，最终着迷于数码世界并且非常希望到那里去。最后，有个存在从他的身体里弹出，无不同于'真正的'mastermind，究极吸血魔兽(VenomVamdemon),现在再生作为贝利亚吸血魔兽(BelialVamdemon)。
故事的最后，全世界的被选招的孩子全部帮忙，存在于每个人心中的光明和希望令数码世界重新回到那个美好的地方，而及川因为太虚弱而不能进入数码世界，他把自己的力量送给了自己热爱的数码世界，和数码世界永远在一起。和平恢复后，数码世界和现实世界被联系起来，每个人都拥有了自己的数码兽。

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