UltimateX-Men(1-39)第1-39期是由MarkMillar(CivilWar,Wanted)编写故事，主要由AdamKubert绘画。Magneto是一个恐怖份子，他相信异变人比普通人类优越，而两者不能共存，必须把所有人类杀死。而ProfessorXavier的X-Men则拥有相反的理念，极力在这个歧视异变人的世界内，找寻共存的方法和空间，以行动帮助人类去改变他们对异变人的想法。在一开始时，异变人是被巨型机械人Sentinels所追捕的，而X-Men有一所学校，他们出动去把RobertDrake(Iceman)救回来。第二个目标就是狼人Wolverine，不过他原来是Magneto派去刺杀Professor的，Wolverine混入X-Men后，和JeanGrey相恋，最后更改邪归正成为X-Men一员。一直暗恋JeanGrey的Cyclops因此而离去，被Magneto的BrotherhoodofMutants收留，不过他其实是故意混入Magneto身边，最后Professor将Magneto杀死。Wolverine本是WeaponX计划的成员，那是军部一个制造超级士兵的组织，在Magneto死后攻入X-Men学校内，把所有人捉回去，在他们体内放入微型炸弹，强逼他们执行任务。最后连Wolverine也被擒，不过他体内有追踪器，原来他和Quicksilver及ScarletWitch等人合作，最后救回眾人。下一个故事讲述Professor的儿子David(Legion)出走了，他也是异变人，能力是他的思想可从一个人的身体跳到另一个人身上把他控制。故事介绍了BetsyBraddock(Psylocke)，她是英国的STRIKE部队，在行动中David控制了Psylocke的身体，结果Psylocke被杀死，不过后来有说到她的思想亦跳到了一个华人的身体内。跟著一直赞助Professor建立学校的组织HellfireClub登场，不过他们真正的目的，是要让JeanGrey体内的神PhoenixGod释放出来，结果Phoenix力量真的出现了，却把所有HellfireClub成员杀死，救回一眾X-Men。另一方面，原来Professor并没有杀死Magneto，只是把他洗脑了，希望他能重过新生活，但这事却被BrotherhoodofMutants的餘党知道了，并把他救回，於是引发出新的故事《UltimateWar》。在《UltimateWar》中，Magneto向人类发动攻击，政府怪罪Professor放过Magneto，於是派出Ultimates去捉拿X-Men。Quicksilver和ScarletWitch两人在上一次事件中，帮助Professor去对付他们父亲Magneto，所以这时亦自动投案到Ultimates。终於Professor被Ultimates捉住，X-Men等人被逼离开学校。Magneto找来Forge制造一个强化他力量的机器，可让他的力量毁灭整个世界，让异变人重建新世界，於是他开始把世上的异变人接到他的基地内。另一方面，Wolverine和Cyclops在一次行动中，Wolverine故意让Cyclops跌死，因为当时JeanGrey和Cyclops正相恋，他想JeanGrey能重投他的怀抱。结果Cyclops跌在深渊内，却错有错著被Magneto的手下所救回，因此知道了他大本营的位置，召唤了一眾X-Men把Magneto打败。Magneto在倒下前将一个核能反应炉引爆，JeanGrey使用Phoenix的力量将整个发电厂的地基连根拔起，解除了核爆的危机，亦令人类改观接受了异变人。事件后政府决定把X-Men纳入SHIELD旗下，Magneto被收监，而Wolverine本来被逐出X-Men，但Cyclops去找他想他回去，因为他不想两人日后会变成像是Professor和Magneto那样的对立关係。UltimateX-Men(34-65)首两个故事由BrianMichaelBendis编写，WeaponX的计划猎杀Wolverine，得Daredevil和Spider-Man的协助Wolverine回到X-Men，期间Jean失控利用phoenix力量杀死了两个恐怖份子。新的异变人Angel出现，加入了X-Men。而EmmaFrost亦出现了，她却是为政府办事，希望以较和平的手段去解决歧视异变人问题，开办了一所学校，她更是ProfessorX的旧情人。她邀请了Beast,Dazzler,Havok,Polaris,Karma等人，但在政府内却有一班极度歧视异变人的高官，更秘密向EmmaFrost发动攻击，Beast因此而被杀。然后故事由BrianK.Vaughan接手(Y:LastMan,Runaways,ExMachina)，MisterSinister在街上暗杀一些异变人，因为他是为Apocalypse所服务，不过这个Apocalypse看似只是他幻想出来的。Northstar登场，和原著一样是同性恋的，而Colossus亦公开了他也是同性恋的，Nightcrawler因为不能接受此事而和Colossus反目。最后他们逮捕了MisterSinister，在狱中Sinister仍和Apocalypse对话。Gambit出场，Rogue和Iceman分手与Gambit相恋，后来Rogue离开学校。他们遇上了Juggernaut，在战斗中Gambit被杀，临死前让Rogue吸收他的所有力量，让Rogue一段时间内可与人接触而没有副作用。在芝加哥Emma的学校，Lorna看似力量失控误杀了一些途人，NickFury将她锁在Magneto的监狱内，AlexSummer和其他人(Sunspot,Cannonball,Northstar)想去救出她，其实这是Magneto手下Forge所制造的意外。Ultimates出动，和X-Men大打一场，Angel和Dazzler这一对恋人偷偷去帮手，Dazzler被一个囚犯Deathstrike重重打伤陷入昏迷。最后他们打败了Magneto将他困起，但其实他是Mystique所假扮，真正的Magneto已逃出。事后ProfessorX派Angel到Emma的学校去监视她，Rogue亦回到X-Men。UltimateX-Men(66-100)故事开始由RobertKirkman(TheWalkingDead,Invincible,MarvelZombies)编写。一个女人Lilandra来找ProfessorX，说可经济支援他的学校，但条件是要研究Jean。她说出关於phoenix的故事，phoenix在宇宙创造出生命，但后来它的创造物想得到自由过自己的生活，於是背叛它将它锁起，用一堆石把它困住，然后就形成了一个星球也就是我们的地球，而Lilandra相信Jean就是和phoenix有联繫的人。Sabertooth从Wolverine身上拿走一些身体组织给予Dr.Cornelius，目的未明。然后有一个全新角色EliotBoggs(Magician)，他由NickFury带来去见ProfessorX，他在意外中杀了自己的父母。他的力量很强，可改变现实。这时NickFury又来找ProfessorX，说想Magician加入Ultimates，这时他们才发现并不是NickFury介绍他来的，而根本是Magician自小很崇拜X-Men想加入他们，制造出一切幻象。最后Wolverine将他杀死，不过这亦只不过是他制造的幻象，他不想伤害X-Men，也不愿被锁住於是就此离开。在Annual年刊内，Dazzler终於从昏迷中甦醒，Nightcrawler立即将她带走，骗她说他们正受袭击。其实Nightcrawler自Colossus告诉他是同性恋后，性格变得有点怪异，他希望能和Dazzler单独生活，最后X-Men把Dazzler救回并将Nightcrawler锁住。Cable和Bishop相继从未来而来到，Cable真正的身份是老了的Wolverine(原著中Cable是Cyclops的儿子)，他想杀ProfessorX去阻止一个可怕的未来发生，而Bishop则是为阻止他而来。到最后Cable接近了ProfessorX然后爆炸发生，眾人也以为ProfessorX死了，不过只是Cable将他带到未来去。Nightcrawler趁机逃走，来到一条下水道加入了另一班异变人。而一个本应死去的角色Beast再次出现，原来他当初并未死去，只是NickFury想借用他去研究LegacyVirus的治疗方法，和ProfessorX合谋用心灵术骗Beast他仍常和X-Men等人有见面，实际他是被困在SHIELD那里。当ProfessorX不在了，这件事就给Beast知道了。Cyclops将X-Men队伍解散，将学校变为一所真正的学校，再没有战斗训练或拯救行动。

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