一部军用的机械人在无人的情况自动启动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀；谁也没想到，两起无关事件却会在将来把东京带入恐怖中。
东京各处陆续发生了一系列机械人暴走的事情，经过特车2课的调查，发现可疑之处是一套新推出的机械人操作系统：HOS，而该OS是篠原重工的作品。更为严重的是眼下大部分的机械人都已更换为此系统，所以后藤他们认为潜在的危机是十分可怕的(如果东京内的大部分机械人一起暴走，那么东京就将毁灭)。但是没有任何的证据证明机械人暴走与HOS有关，为此后藤委托松井刑事协助调查。当调查到HOS主创人员帆场时，发现他早已把自己的过去资料抹去，唯有他的住处记录还存在着。松井追随着几年来帆场所暂住的地方，却惊异的发现帆场在这几年内竟然搬过20几次家，而每当线索带着他们来到其中的某一处地方时，那里似乎都是被新时代建筑所淘汰的过去回忆，时间的脚步仿佛已经开始在慢慢倒转着。甚至松井也不禁在怀疑：难道是帆场瑛一刻意带着他来看到这些被人们遗忘的角落？他到底想告诉我们什么？
同时，特车2课第2小队的各位并没有闲着，在繁夫的帮助下，他们似乎找到了机械人暴走的条件：当风速达到40/S时与建筑物之间产生的共鸣，会使HOS中的隐藏功能对这个现象做出反映。而他们也意识到了：东京市内可以使所有机械人同时发狂的共鸣物，就是那个“巴比伦计划”、那个高耸入云的建筑、那个代表着人类欲望与技术结晶的建筑！此时电视传来了气象预报的声音：“预计今夜风速达40/S的台风将登陆东京，请做好防范准备……”

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