U.C.0079年12月，由吉恩公国挑起的一年战争已进入最后的阶段，人们都已看到吉恩的日渐式微，也盼望着和谈的早日到来。然而，一部分吉恩军的顽固派，仍然执迷不悟地坚持着与联邦军的战斗。
　　这时的联邦军，除了加紧展开最终的大攻势，亦没有放松军事技术方面的研究开发工作。由于少年英雄阿姆罗驾驶RX－78高达在战争中的突出表现，使联邦充分认识到MS的价值与阿姆罗所表现出的新人类能力“NEWTYPE”之重要性。为了将两者更好地结合，在地球的北极基地，联邦军试制出一架最新的RX－78高达“NT(NEWTYPE)－1阿历克斯”。之后不久的12月21日，北极基地遭到吉恩部队的突袭。不过，幸好NT－1未遭破坏，并且在掩护下被秘密送往宇宙中的中立地区SIDE6，在那里进行最后的测试。
　　SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。
　　被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里偷拍到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。

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